Территория заповедника входит в бассейн притока Днепра, р. Березины, и частично в бассейн р. Эссы, притока Уллы, впадающей в Западную Двину.
Заповедник расположен на Приморской низменности, в 10 км от моря, входит в Приморский климатический район с мягким климатом.
Основную часть территории заповедника составляет озеро и примыкающие к нему низинные и верховые болота.
Заповедник со всех сторон окружен сельскохозяйственными угодьями, площадь заповедника 3660 га, из них болота - 2603 га.